Luận án Xác định các gen - alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa Việt Nam
HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM
PHÙNG THỊ PHƯƠNG NHUNG
XÁC ĐỊNH CÁC GEN - ALEN ĐẶC THÙ LIÊN QUAN
ĐẾN SỰ PHÁT TRIỂN BỘ RỄ CỦA
CÁC GIỐNG LÚA VIỆT NAM
LUꢀN ỄN TIꢁN Sƾ
NHÀ XUꢀT BꢁN HꢂC VIꢃN NỌNG NGHIꢃP - 2019
HꢀC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM
PHÙNG THꢄ PHꢅꢆNG NHUNG
XÁC ĐỊNH CÁC GEN - ALEN ĐẶC THÙ
LIÊN QUAN ĐẾN SỰ PHÁT TRIỂN BỘ RỄ CỦA
CÁC GIỐNG LÚA VIỆT NAM
Chuyên ngành:
Di truyền và Chọn giống cây trồng
Mã số:
9 62 01 11
Người hướng dẫn khoa học: GS.TS. Đỗ Năng Vịnh
GS.TS. Pascal Gantet
NHÀ XUꢀT BꢁN HꢂC VIꢃN NỌNG NGHIꢃP - 2019
LꢂI CAM ĐOAN
Tôi xin cam đoan đơy lƠ công trình nghiên cꢇu cꢈa tôi, các kết quꢉ nghiên
cꢇu đꢊợc trình bƠy trong luận án lƠ trung thực, khách quan vƠ chꢊa từng đꢊợc sử
dụng để bꢉo vꢋ bꢌt kỳ hꢍc vꢎ nƠo.
Tôi xin cam đoan rằng mꢍi sự giúp đỡ cho viꢋc thực hiꢋn luận án đƣ đꢊợc
cám ꢏn, các thông tin trích dẫn trong luận án nƠy đều đꢊợc ghi rõ nguồn gốc.
Hà Nội, ngày... tháng ... năm 2019
Tác giꢃ luꢄn án
Phùng Thꢅ Phꢆꢇng Nhung
i
LꢂI CꢈM ꢉN
Tác giꢉ luận án xin trơn trꢍng cꢉm ꢏn: Hꢍc Viꢋn Nông nghiꢋp Viꢋt Nam,
Ban Quꢉn lý đƠo tꢐo, Khoa Nông hꢍc, Bộ môn Di truyền vƠ Chꢍn giống cơy
trồng, Phòng thí nghiꢋm trꢍng điểm Công nghꢋ tế bƠo thực vật, Phòng thí nghiꢋm
liên kết Viꢋt – Pháp (LMI – Rice) – Viꢋn Di truyền Nông nghiꢋp, Trung tơm TƠi
nguyên di truyền thực vật (PRC- Viꢋt Nam), Trung tơm Hợp tác quốc tế nghiên
cꢇu vƠ Phát triển nông nghiꢋp bền vững (CIRAD - Pháp), đƣ tꢐo điều kiꢋn thuận
lợi cho tôi hoƠn thƠnh luận án nƠy.
Tôi xin cꢉm ꢏn Chꢊꢏng trình hꢍc bổng GRiSP – IRRI, Trung tơm Hợp tác
quốc tế nghiên cꢇu vƠ Phát triển nông nghiꢋp bền vững (CIRAD - Pháp),Viꢋn
Nghiên cꢇu vì sự Phát triển (IRD – Pháp), đề tƠi "Nghiên cꢇu chꢇc năng gen quy
đꢎnh phát triển bộ rꢑ lúa, phục vụ chꢍn tꢐo giống lúa chꢎu hꢐn bằng công nghꢋ
gen” thuộc "Chꢊꢏng trình trꢍng điểm phát triển vƠ ꢇng dụng công nghꢋ sinh hꢍc
trong lĩnh vực Nông nghiꢋp vƠ PTNT đến năm 2020” - Bộ Nông nghiꢋp vƠ Phát
triển nông thôn Viꢋt Nam, đƣ tƠi trợ kinh phí cho các phần nghiên cꢇu cꢈa tôi.
Đặc biꢋt tôi xin bƠy tỏ lòng biết ꢏn sơu sắc tới GS.TS. Đỗ Năng Vꢎnh,
GS.TS. Pascal Gantet, TS. Brigitte Courtois đƣ trực tiếp hꢊớng dẫn vƠ giúp đỡ
tận tình trong quá trình hꢍc tập, nghiên cꢇu để tôi hoƠn thƠnh luận án nƠy.
Tôi xin chơn thƠnh cꢉm ꢏn: Các thầy cô, đồng nghiꢋp đƣ quan tơm, giúp
đỡ, động viên vƠ đóng góp nhiều ý kiến cho viꢋc hoƠn thƠnh luận án nƠy; Các
cộng tác viên, kỹ thuật viên, tꢐi Phòng thí nghiꢋm trꢍng điểm Công nghꢋ tế bƠo
thực vật, Phòng thí nghiꢋm liên kết Viꢋt- Pháp, Viꢋn Di truyền Nông nghiꢋp; Bộ
môn Quꢉn lý Ngơn hƠng gen- Trung tơm TƠi nguyên di truyền thực vật; Phòng
Nghiên cꢇu Di truyền – CIRAD – Pháp, đƣ giúp đỡ tôi trong quá trình lƠm thí
nghiꢋm vƠ hoƠn thƠnh luận án nƠy; Các thƠnh viên trong gia đình, bꢐn bè đƣ tꢐo
điều kiꢋn vƠ động viên tôi trong suốt quá trình thực hiꢋn luận án nƠy.
Xin trơn trꢍng cꢉm ꢏn!
Hà Nội, ngày tháng năm 2019
Tác giꢃ luꢄn án
Phùng Thꢅ Phꢆꢇng Nhung
ii
MꢊC LꢊC
Lꢒi cam đoan .................................................................................................................... i
Lꢒi cꢉm ꢏn....................................................................................................................... ii
Mục lục ........................................................................................................................... iii
Danh mục chữ viết tắt..................................................................................................... vi
Danh mục bꢉng............................................................................................................... ix
Danh mục hình..................................................................................................................x
Trích yếu luận án ........................................................................................................... xii
Thesis abstract............................................................................................................... xiv
Phꢋn 1. Mꢌ đꢋu ...............................................................................................................1
1.1.
1.2.
1.3.
1.4.
Tính cꢌp thiết cꢈa đề tƠi........................................................................................1
Mục tiêu nghiên cꢇu cꢈa đề tƠi.............................................................................3
Phꢐm vi nghiên cꢇu ..............................................................................................3
Những đóng góp mới cꢈa đề tƠi............................................................................4
1.5. Ý nghĩa khoa hꢍc vƠ thực tiꢑn cꢈa đề tƠi..............................................................5
Phꢋn 2. Tꢍng quan tƠi liꢎu .............................................................................................6
2.1.
Vai trò vƠ đặc điểm bộ rꢑ ꢓ lúa.............................................................................6
2.1.1. Vai trò cꢈa bộ rꢑ ꢓ cơy lúa....................................................................................6
2.1.2. Đặc điểm cꢌu trúc cꢈa bộ rꢑ lúa............................................................................7
2.1.3. Đặc điểm phát triển cꢈa bộ rꢑ lúa .......................................................................10
2.2.
QTLs vƠ Gen liên quan đến sự phát triển bộ rꢑ lúa ............................................12
2.2.1. Các QTLs liên quan đến sự phát triển bộ rꢑ lúa .................................................12
2.2.2. Các gen liên quan đến sự hình thƠnh vƠ phát triển bộ rꢑ lúa ..............................16
2.3.
Nguyên lý vƠ ꢇng dụng cꢈa GBS .......................................................................24
2.3.1. Phꢊꢏng pháp giꢉi trình tự NGS – nền tꢉng cꢈa GBS .........................................24
2.3.2. Nguyên lý cꢈa phꢊꢏng pháp GBS ......................................................................28
2.3.3. Các ꢇng dụng cꢈa GBS trong chꢍn giống cơy trồng ..........................................33
2.4.
Nguyên lý vƠ ꢇng dụng cꢈa GWAS ...................................................................35
2.4.1. Nguyên lý............................................................................................................35
2.4.2. GWAS lƠ một công cụ mới hữu hiꢋu..................................................................36
2.4.3. Các bꢊớc xơy dựng một nghiên cꢇu GWAS ......................................................38
2.4.4. Ý nghĩa vƠ tiềm năng cꢈa GWAS trong chꢍn tꢐo giống lúa...............................42
iii
2.5.
Nguồn gen lúa vƠ tình hình nghiên cꢇu rꢑ lúa ꢓ Viꢋt Nam ................................44
2.5.1. Nguồn gen lúa Viꢋt Nam ....................................................................................44
2.5.2. Tình hình nghiên cꢇu đặc điểm bộ rꢑ lúa ꢓ Viꢋt Nam........................................45
Phꢋn 3. Vꢄt liꢎu vƠ phꢆꢇng pháp nghiên cꢏu ............................................................48
3.1. Đꢎa điểm nghiên cꢇu...........................................................................................48
3.2.
3.3.
3.4.
3.5.
Thꢒi gian nghiên cꢇu..........................................................................................48
Vật liꢋu nghiên cꢇu.............................................................................................49
Nội dung nghiên cꢇu...........................................................................................49
Phꢊꢏng pháp nghiên cꢇu ....................................................................................51
3.5.1. Chiết tách ADN tổng số......................................................................................51
3.5.2. Phơn tích đa dꢐng di truyền bằng chꢔ thꢎ DArT ..................................................51
3.5.3. Phơn tích kiểu gen thông qua giꢉi trình tự (GBS)...............................................54
3.5.4. Phơn tích cꢌu trúc di truyền cꢈa tập đoƠn mẫu giống nghiên cꢇu ......................54
3.5.5. Xác đꢎnh mꢇc độ phơn rƣ cꢈa LD (Linkage Disequilibrium).............................55
3.5.6. Đánh giá đặc điểm nông sinh hꢍc.......................................................................56
3.5.7. Phꢊꢏng pháp đánh giá kiểu hình bộ rꢑ ...............................................................57
3.5.8. Lập bꢉn đồ liên kết (GWAS)..............................................................................60
3.5.9. Phꢊꢏng pháp xác đꢎnh các gen ꢇng viên ............................................................61
Phꢋn 4. Kꢐt quꢃ vƠ thꢃo luꢄn.......................................................................................62
4.1. Đặc điểm cꢈa bộ sꢊu tập giống lúa.....................................................................62
4.1.1. Đặc điểm thu đꢊợc qua thông tin hồ sꢏ mẫu giống............................................62
4.1.2. Đặc điểm nông sinh hꢍc cꢏ bꢉn..........................................................................63
4.2.
Kết quꢉ phơn tích đa dꢐng di truyền với chꢔ thꢎ DArT .......................................68
4.2.1. Kết quꢉ phơn tích đa hình vƠ cꢌu trúc di truyền......................................................68
4.2.2. Xơy dựng cơy phơn loꢐi cho các giống lúa nghiên cꢇu ......................................69
4.3.
Kết quꢉ phơn tích kiểu gen thông qua giꢉi trình tự (GBS –Genotyping by
sequencing) .........................................................................................................72
4.3.1. Kết quꢉ phơn tích đa hình vƠ cꢌu trúc di truyền với SNPs marker.....................72
4.3.2. Đặc điểm cꢈa các mẫu giống lúa trong các phơn nhóm khác nhau ....................75
4.3.3. Kết quꢉ phơn tích Linkage Disequilibrium (LD)................................................82
4.4.
Kết quꢉ đánh giá kiểu hình các tính trꢐng liên quan đến sự phát triển bộ rꢑ
ꢓ các mẫu giống nghiên cꢇu ...............................................................................86
iv
4.4.1. Kết quꢉ phơn tích phꢊꢏng sai vƠ các thống kê cꢏ bꢉn........................................86
4.4.2. Kết quꢉ phơn tích thƠnh phần chính....................................................................98
4.5.
Kết quꢉ phơn tích liên kết toƠn hꢋ Gen (GWAS) .............................................101
4.5.1. Các QTLs liên kết với tính trꢐng liên quan đến sự phát triển bộ rꢑ..................101
4.5.2. Các gen ꢇng viên liên quan đến đặc điểm phát triển bộ rꢑ...............................114
4.5.3. Điểm đặc biꢋt cꢈa vùng QTLs liên kết với NCR trên NST số 11 ....................120
Phꢋn 5. Kꢐt luꢄn vƠ kiꢐn nghꢅ....................................................................................131
5.1.
5.2.
Kết luận.............................................................................................................131
Kiến nghꢎ...........................................................................................................132
Danh sách các công trình liên quan đến luận án...........................................................133
TƠi liꢋu tham khꢉo ........................................................................................................134
Phụ lục ..........................................................................................................................158
v
DANH MꢊC CHꢑ VIꢁT TꢒT
Chꢓ viꢐt tꢔt
ADN
Chꢓ viꢐt đꢋy đꢕ
Tiꢐng Viꢎt
Axit deoxyribonucleic
Deoxyribonucleic acid
Amplified Fragment Length
Polymorphism
AFLP
Đa hình độ dƠi các đoꢐn nhơn
bꢉn chꢍn lꢍc
ANOVA
bp
Analysis of Variance
Base pair
Phơn tích phꢊꢏng sai
1bp = 1cặp nucleotide
Vùng Tơy Nguyên
Nhiꢑm sắc thể
CH
Central Highlands
Chromosome
Chr
cM
Centimorgan
Xen-ti-mooc-gan
Đột biến gơy mꢌt rꢑ bꢌt đꢎnh ꢓ
lúa
CRL1
Crown Root Less 1
DAPC
Discriminant Analysis of Principal Phơn tích phơn biꢋt thƠnh phần
Components
chính
DArT
DEPTH
DRP
Driversity Array Technology
Deepest point reached by root
Deep Root Propotion
Công nghꢋ đa dꢐng mꢉng
Độ ăn sơu cꢈa rꢑ
Phần trăm khối lꢊợng khô cꢈa
phần rꢑ ăn sơu
DRW
Deep Root Weight
Khối lꢊợng khô phần rꢑ ăn sơu
Khối lꢊợng khô cꢈa phần rꢑ từ
0 đến 20 cm
DW0020
Dry Weight of root part in the 00-
20 cm
DW2040
DW4060
DWB60
FYPP
Dry Weight of root part in the 20-
40 cm
Khối lꢊợng khô cꢈa phần rꢑ từ
20 đến 40 cm
Dry Weight of root part in the 40-
60 cm
Khối lꢊợng khô cꢈa phần rꢑ từ
40 đến 60 cm
Dry Weight of root part Below 60
cm
Khối lꢊợng khô cꢈa phần rꢑ dƠi
hꢏn 60 cm
Phytochrome associated
serine/threonine proteinphosphates
Gibberelic acid 20 oxidase
Genotyping By Sequencing
GA20oX
GBS
Phơn tích kiểu gen thông qua
vi
giꢉi trình tự
GLM
General Linear Model
Mô hình hồi quy tuyến tính
GWAS
Genome-wide Association Studies Nghiên cꢇu lập bꢉn đồ liên kết
toƠn hꢋ gen
IAA
IR
Auxin/ indole -3- acetic acid
Irrigated
Auxin
Canh tác chꢈ động tꢊới tiêu
1kb =1000 bp
kb
Kilo base pair
LBD
LD
Lateral organ boundary domain
Linkage Disequilibrium
Longest Leaf Length
Minor Allele Frequence
Megabase pair
Sự mꢌt cơn bằng liên kết
Chiều dƠi thơn
LLGTH
MAF
Mb
Alen có tần số nhỏ hꢏn
1Mb = 1000 kb
MIF
MLM
Mini Zinc Finger
Mix Linear Model
Mô hình hồi quy tuyến tính hỗn
hợp
MRD
MRH
MRL
NCC
NCR
NE
Mekong River Delta
Morphogenesis of Root Hair
Maximum of Root Length
North Central Coast
Đồng bằng sông Cửu Long
Chiều dƠi rꢑ tối đa
Duyên hꢉi Bắc Trung Bộ
Số lꢊợng rꢑ bꢌt đꢎnh
Vùng Đông Bắc Bộ
Number of Crown Root
Northeast
NGS
Next Generation Sequencing
Công nghꢋ giꢉi trình tự thế hꢋ
tiếp theo
NILs
NR_T
NW
Near Isogenic Lines
Number of crown roor per Tiller
Northwest
Dòng đẳng gen
Số rꢑ bꢌt đꢎnh trung bình/nhánh
Vùng Tơy Bắc Bộ
PCA
PCR
PDW
PHP
PIC
Principal Component Analysis
Polymerase Chain Reaction
Plant Dry Weight
Phơn tích thƠnh phần chính
Kỹ thuật nhơn bꢉn ADN
Khối lꢊợng khô cꢈa cơy
Hypertext Preprocesser
Polymorphism Information
Content
HƠm lꢊợng thông tin đa hình
vii
PIN
Pin- formed
PIP
Plasma membrane Intrinsic Protein
Polycystin-1, Lipoxygenase,
Alpha-toxin and Triacylglycerol
Quiescent Center homobox
Quantitative Trait Loci
Root – Shoot ratio
PLAT
QHB
QTLs
R_S
Locus tính trꢐng số lꢊợng
Tỷ lꢋ khối lꢊợng khô giữa phần
rꢑ vƠ phần thơn cơy
RAPD
Radnom Amplified Polymophism
DNA
Đa hình các đoꢐn ADN đꢊợc
nhơn bꢉn ngẫu nhiên
RDW
RFLP
Root Dry Weight
Khối lꢊợng khô cꢈa phần rꢑ
Đa hình độ dƠi các đoꢐn cắt giới
hꢐn
Restriction Fragment Length
Polymorphism
RID
RILs
RL
Root Initiation Defective
Recombinant Inbred Lines
Rainfed Lowland
Dòng tái tổ hợp
Canh tác nꢊớc trꢒi ꢓ vùng thꢌp
Yếu tố điểu chꢔnh phꢉn ꢇng
Đồng bằng chơu thổ sông Hồng
Duyên hꢉi Nam Trung Bộ
RR
Response Regulator
Red River Delta
RRD
SCC
SCR
SDW
SE
South Central Coast
Scarecrow
Shoot Dry Weight
Southeast
Khối lꢊợng khô phần thơn cơy
Vùng Đông Nam Bộ
SHR
SNP
SNX
SRP
Short Root
Single Nucleotide Polymorphism
Sorting nexin
Đa hình nucleotide đꢏn
Shallow Root Propotion
Phần trăm khối lꢊợng khô cꢈa
phần rꢑ ăn nông
SSR
THK
TIL
Simple Sequence Repeats
Root Thickness
Number of Tiller
Upland
Đa hình các đoꢐn lặp đꢏn giꢉn
Độ dƠy cꢈa rꢑ
Số nhánh
UP
Canh tác nꢊꢏng rẫy
WOX
WUCHEL-related
viii
DANH MꢊC BꢈNG
TT
Tên bꢃng
Trang
3.1. Các giống lúa đꢊợc dùng để xơy dựng thꢊ viꢋn DArT markers.........................53
4.1. Phơn nhóm mẫu giống theo thꢒi gian sinh trꢊꢓng..............................................64
4.2. Phơn nhóm mẫu giống theo số nhánh hữu hiꢋu..................................................65
4.3. Đặc điểm hình dꢐng hꢐt cꢈa các mẫu giống lúa Viꢋt Nam trong bộ sꢊu tập
giống nghiên cꢇu ................................................................................................67
4.4. Chꢔ số FST giữa các nhóm phụ vƠ mꢇc ý nghĩa P-value......................................75
4.5. Đặc điểm cꢈa các phơn nhóm trong hai nhóm giống thuộc loƠi phụ indica
vƠ japonica..........................................................................................................81
4.6.
Sự phơn rƣ cꢈa LD trên 12 nhiꢑm sắc thể trong nhóm giống indica vƠ
japonica ..............................................................................................................83
Kết quꢉ phơn tích ANOVA vƠ hꢋ số di truyền theo nghĩa rộng cꢈa các tính
trꢐng nghiên cꢇu .................................................................................................87
4.7.
4.8. Các giá trꢎ thống kê cꢏ bꢉn cꢈa các tính trꢐng liên quan đến đặc điểm phát
triển bộ rꢑ ꢓ các mẫu giống nghiên cꢇu..............................................................88
4.9. Giá trꢎ thống kê cꢏ bꢉn cꢈa các tính trꢐng nghiên cꢇu theo 2 nhóm giống
indica (ind) vƠ japonica (jap) .............................................................................91
4.10. So sánh giá trꢎ trung bình cꢈa các tính trꢐng giữa các phơn nhóm thuộc
nhóm giống indica vƠ japonica ..........................................................................94
4.11. Hꢋ số tꢊꢏng quan giữa các tính trꢐng theo dõi ꢓ cꢉ tập đoƠn vƠ riêng cho
từng nhóm giống indica vƠ japonica ..................................................................95
4.12. Danh sách các QTLs đƣ xác đꢎnh đꢊợc với P-value < 1E-04 ꢓ cꢉ tập đoƠn
vƠ hai nhóm giống indica vƠ japonica..............................................................103
4.13. Các QTLs liên kết với nhiều hꢏn một tính trꢐng nghiên cꢇu ꢓ cꢉ tập đoƠn
vƠ hai nhóm mẫu giống thuộc loƠi phụ indica vƠ japonica..............................112
4.14. Danh sách các gen ꢇng viên đƣ đꢊợc khẳng đꢎnh về vai trò vƠ chꢇc năng
đối với sự phát triển bộ rꢑ.................................................................................116
4.15. Các giống lúa có kiểu hình tꢊꢏng phꢉn vƠ haplotype khác biꢋt tꢐi vùng
QTLs liên kết chặt với tính trꢐng NCR trên NST số 11 ...................................123
4.16. Danh sách các gen nằm trong vùng QTLs liên kết chặt với tính trꢐng NCR
trên NST số 11 ..................................................................................................127
ix
DANH MꢊC HỊNH
TT
Tên hình
Trang
2.1. ThƠnh phần rꢑ cꢌu trúc nên bộ rꢑ lúa....................................................................8
2.2. Cꢌu trúc xuyên tơm cꢈa rꢑ lúa ..............................................................................9
2.3. Tổ chꢇc mô theo chiều dꢍc vƠ mô hình phơn chia tế bƠo ꢓ rꢑ lúa......................10
2.4. Số lꢊợng QTLs liên kết với đặc điểm bộ rꢑ ꢓ lúa trên các vùng nhiꢑm
sắc thể .................................................................................................................14
2.5. Các bꢊớc giꢉi trình tự theo phꢊꢏng pháp Sanger (a) vƠ NGS (b) ......................27
2.6. Các bꢊớc chính trong quá trình thực hiꢋn GBS..................................................29
2.7. So sánh phꢊꢏng pháp xác đꢎnh QTLs truyền thống vƠ GWAS..........................35
3.1. Sꢏ đồ tổng quát quá trình thực hiꢋn các nội dung nghiên cꢇu............................50
3.2. Sꢏ đồ các bꢊớc thực hiꢋn phơn tích đa dꢐng di truyền với DArT ......................52
3.3. Các chꢔ tiêu vƠ vꢎ trí thu thập số liꢋu các tính trꢐng liên quan đến sự phát
triển bộ rꢑ cꢈa các giống nghiên cꢇu ..................................................................59
4.1. Đặc điểm phơn bố cꢈa 214 mẫu giống lúa Viꢋt Nam sử dụng lƠm vật liꢋu
nghiên cꢇu...........................................................................................................63
4.2. Biểu đồ tần số phơn bố mẫu giống lúa theo chiều cao cơy.................................66
4.3. Tỷ lꢋ vƠ số lꢊợng các mẫu giống chia theo tính chꢌt nội nhũ ............................67
4.4. ThƠnh phần genome cꢈa các mẫu giống nghiên cꢇu..........................................69
4.5. Cơy phơn loꢐi di truyền cꢈa 270 mẫu giống với 241 DArT marker ...................70
4.6. Phơn bố cꢈa GBS marker trên 12 nhiꢑm sắc thể vƠ chꢔ số đa hình (PIC)
cꢈa chúng trong ma trận haplotype chuẩn bꢎ cho GWAS...................................73
4.7. Các phơn nhóm trong nhóm mẫu giống thuộc loƠi phụ indica...........................77
4.8. Các phơn nhóm trong nhóm mẫu giống thuộc loƠi phụ japonica.......................80
4.9. Sự phơn rƣ LD theo khoꢉng cách vật lý giữa các cặp marker trên 12 NST ꢓ
nhóm giống indica ..............................................................................................84
4.10. Sự phơn rƣ LD theo khoꢉng cách vật lý giữa các cặp marker trên 12 NST ꢓ
nhóm giống japonica ..........................................................................................85
4.11. Hình ꢉnh biểu diꢑn mối tꢊꢏng quan giữa thơn vƠ rꢑ cꢈa các mẫu giống
trong tập đoƠn sử dụng phần mềm RASTA........................................................89
4.12. Tần số phơn bố cꢈa một số tính trꢐng nghiên cꢇu trong hai nhóm loƠi phụ
indica vƠ japonica...............................................................................................93
x
4.13. Vòng tròn tꢊꢏng quan xơy dựng bằng phơn tích thƠnh phần chính (PCA)
cho các tính trꢐng nghiên cꢇu.............................................................................99
4.14. Phơn bố cꢈa các giống lúa trong tập đoƠn nghiên cꢇu trên mặt phẳng PCA
dựa trên dữ liꢋu kiểu hình cꢈa các tính trꢐng nghiên cꢇu.................................100
4.15. Hình biểu diꢑn QQ-Plot cho cꢉ tập đoƠn vƠ hai nhóm giống thuộc loƠi phụ
indica vƠ japonica.............................................................................................102
4.16. Manhattan Plot cꢈa tính trꢐng số lꢊợng rꢑ (NCR) ꢓ cꢉ tập đoƠn vƠ hai
nhóm mẫu giống thuộc loƠi phụ indica vƠ japonica.........................................108
4.17. Manhattan Plot cꢈa tính trꢐng độ dƠy rꢑ (THK) ꢓ cꢉ tập đoƠn vƠ hai nhóm
mẫu giống thuộc loƠi phụ indica vƠ japonica...................................................109
4.18. Tỷ lꢋ các dꢐng alen ꢓ các vꢎ trí đánh dꢌu xung quanh q45...............................122
xi
TRệCH YꢁU LUꢀN ỄN
Tên Tác giꢃ: Phùng Thꢎ Phꢊꢏng Nhung
Tên Luꢄn án: “Xác đꢎnh các gen-alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rꢑ cꢈa các
giống lúa Viꢋt Nam”
Chuyên ngƠnh: Di truyền vƠ Chꢍn giống cơy trồng
Tên cꢇ sꢌ đƠo tꢗo: Hꢍc viꢋn Nông nghiꢋp Viꢋt Nam
Mꢘc đích vƠ đꢖi tꢆꢙng nghiên cꢏu cꢕa luꢄn án
Mục đích nghiên cứu
Mƣ sꢖ: 9 62 01 11
- Lựa chꢍn các mẫu giống phù hợp để phát triển bộ dữ liꢋu kiểu gen vƠ dữ liꢋu
kiểu hình phục vụ cho các nghiên cꢇu GWAS thông qua hhꢉo sát sự đa dꢐng về đặc
điểm nông sinh hꢍc cꢏ bꢉn vƠ di truyền cꢈa một tập đoƠn các mẫu giống lúa Viꢋt Nam,.
- Xơy dựng bộ dữ liꢋu kiểu gen (haplotype) vƠ kiểu hình cꢈa các tính trꢐng chính
liên quan đến sự phát triển bộ rꢑ cꢈa các mẫu giống đꢊợc chꢍn, lƠm cꢏ sꢓ cho nghiên
cꢇu GWAS.
- Sử dụng phꢊꢏng pháp GWAS để lập bꢉn đồ liên kết toƠn hꢋ gen, từ đó xác đꢎnh
các QTLs vƠ các gen ꢇng viên liên quan đến sự phát triển bộ rꢑ cꢈa một tập đoƠn giống
lúa Viꢋt Nam.
Đối tꢀợng nghiên cứu
Đề tƠi đƣ khai thác sự đa dꢐng di truyền cꢈa lúa Viꢋt Nam từ đó xác đꢎnh các
QTLs/ gen ꢇng viên liên quan đến sự phát triển bộ rꢑ bằng phꢊꢏng pháp lập bꢉn đồ liên
kết toƠn hꢋ gen (GWAS – Genome wide Association Studies).
Phꢆꢇng pháp nghiên cꢏu
- Các nội dung cꢈa đề tƠi đƣ sử dụng nhiều phꢊꢏng pháp nghiên cꢇu mới trong
phơn tích đa dꢐng di truyền vƠ phơn tích hꢋ gen nhꢊ: phꢊꢏng pháp phơn tích đa dꢐng với
chꢔ thꢎ DArT, phꢊꢏng pháp phơn tích kiểu gen thông qua giꢉi trình tự (GBS), phꢊꢏng
pháp lập bꢉn đồ liên kết toƠn hꢋ gen (GWAS). Các thí nghiꢋm đánh giá đặc điểm nông
sinh hꢍc cꢏ bꢉn sử dụng phꢊꢏng pháp chuẩn cꢈa IRRI (2002). Thí nghiꢋm đánh giá
kiểu hình bộ rꢑ sử dụng phꢊꢏng pháp ống rꢑ cꢉi tiến, ꢓ cơy lúa 6 tuần tuổi.
- Các phần mềm đꢊợc sử dụng trong nghiên cꢇu gồm: DArTsoft 7.4, DArWin 5,
STRUCTURE; BEAGLE; TASSEL; R; RASTA; vƠ các phần mền hỗ trợ phơn tích
thống kê SAS 9.2; R; XLstat, Excel.
Kꢐt quꢃ chính vƠ kꢐt luꢄn
Ý nghĩa khoa học và thực tiễn
- Đề tƠi đƣ khám phá ra các QTLs/ gen ꢇng viên liên kết với các tính trꢐng chính
đóng vai trò quan trꢍng trong sự phát triển bộ rꢑ ꢓ một tập đoƠn nguồn gen lúa Viꢋt
Nam. Kết quꢉ nƠy lƠ cꢓ sꢓ thúc đẩy các nghiên cꢇu tiếp theo nhằm lƠm rõ mꢐng lꢊới
xii
các gen liên quan đến quá trình điều khiển sự phát sinh, phát triển bộ rꢑ ꢓ lúa. Hꢏn nữa,
sự thƠnh công cꢈa nghiên cꢇu nƠy cho thꢌy khꢉ năng kết hợp hiꢋu quꢉ các kỹ thuật phơn
tích hꢋ gen hiꢋn đꢐi trong phơn tích hꢋ gen cơy trồng, góp phần thúc đẩy sự hiểu biết các
yếu tố di truyền liên quan đến các tính trꢐng quan tơm, đặc biꢋt có ý nghĩa cho cꢉi tiến
giống cơy trồng, nhꢌt lƠ trong bối cꢉnh ꢉnh hꢊꢓng sơu sắc vƠ phꢇc tꢐp cꢈa BĐKH.
- Các kết quꢉ trung gian cꢈa đề tƠi nhꢊ: thông tin về đặc điểm nông sinh hꢍc cꢏ
bꢉn, đặc điểm đa dꢐng di truyền vƠ cꢌu trúc quần thể, đặc điểm phát triển bộ rꢑ rꢌt đa
dꢐng cꢈa các mẫu giống nghiên cꢇu, lƠ các cꢏ sꢓ dữ liꢋu có tính tham khꢉo cao trong
các chꢊꢏng trình chꢍn tꢐo giống lúa ꢓ Viꢋt Nam, đặc biꢋt lƠ các chꢊꢏng trình chꢍn tꢐo
cꢉi tiến bộ rꢑ lúa. Mặt khác bộ dữ liꢋu đa hình kiểu gen với 25971 SNPs phơn bố trong
toƠn hꢋ gen đƣ đꢊợc công bố có thể đꢊợc tiếp tục sử dụng để phát triển các nghiên cꢇu
GWAS liên quan đến các tính trꢐng nông sinh hꢍc quan trꢍng khác.
Kết luận
1) Đề tƠi đƣ đánh giá đꢊợc sự đa dꢐng về đặc điểm hình thái vƠ đặc điểm nông
sinh hꢍc cꢏ bꢉn cꢈa 270 mẫu giống lúa, trong đó có 214 mẫu giống lúa Viꢋt Nam. Đồng
thꢒi đánh giá đꢊợc sự đa dꢐng di truyền cꢈa các mẫu giống lúa trên thông qua sử dụng
241 chꢔ thꢎ DArT. Từ kết quꢉ đó xơy dựng đꢊợc cơy phơn loꢐi di truyền có cꢌu trúc
lꢊỡng cực, phơn các mẫu giống nghiên cꢇu thƠnh các nhóm loƠi phụ khác nhau.
2) Kết quꢉ về phơn tích kiểu gen thông qua giꢉi trình tự (GBS) đƣ xơy dựng đꢊợc
bộ dữ liꢋu haplotype với 25971 chꢔ thꢎ cho đa hình cao, hƠm lꢊợng thông tin đa hình
(PIC) trung bình đꢐt 32,0%. Sử dụng số lꢊợng lớn các chꢔ thꢎ SNPs trong bộ dữ liꢋu nƠy
để phơn tích cꢌu trúc vƠ đa dꢐng di truyền cꢈa nhóm giống indica, japonica ꢓ Viꢋt Nam
cho thꢌy 114 mẫu giống lúa indica Viꢋt Nam đꢊợc phơn thƠnh 6 phơn nhóm từ I1 đến
I6, 62 mẫu giống japonica Viꢋt Nam đꢊợc phơn thƠnh 4 phơn nhóm từ J1 đến J4 với
những đặc điểm đặc trꢊng riêng.
3) Kết quꢉ đánh giá kiểu hình bộ rꢑ đƣ xơy dựng đꢊợc bộ dữ liꢋu kiểu hình rꢑ gồm
18 tính trꢐng cꢈa 194 mẫu giống lúa. Các mẫu giống đa dꢐng về đặc điểm hình thái vƠ
cꢌu trúc bộ rꢑ, đặc biꢋt lƠ các tính trꢐng số lꢊợng rꢑ, độ dƠy rꢑ, khối lꢊợng khô cꢈa rꢑ ꢓ
các tầng đꢌt khác nhau, độ dƠi rꢑ. Đặc biꢋt đƣ xác đꢎnh đꢊợc một số giống lúa có bộ rꢑ
dƠi vƠ dƠy thuộc phơn nhóm I3 có ý nghĩa trong chꢍn giống nhꢊ: Blề Blậu Chớ (G205),
Tẻ nꢊꢏng (G153), Khẩu Năm Rinh (G189), Khẩu Pe Lꢐnh (G155).
4) Sử dụng phꢊꢏng pháp GWAS để lập bꢉn đồ liên kết toƠn hꢋ gen, nghiên cꢇu đƣ
cung cꢌp một danh sách gồm 88 QTLs liên kết với 18 tính trꢐng nghiên cꢇu, trong đó có
28 QTLs đồng thꢒi liên kết với nhiều hꢏn một tính trꢐng, 33 QTLs nằm trong vùng trình
tự cꢈa gen chꢇc năng, 1 vùng QTLs liên kết chặt với tính trꢐng số lꢊợng rꢑ (NCR) trên
NST số 11, vƠ 1 vùng QTLs liên kết chặt với độ dƠy rꢑ (THK) trên NST số 2. Căn cꢇ vꢎ
trí cꢈa QTLs, xác đꢎnh đꢊợc 889 gen ꢇng viên, trong đó có 407 gen đƣ đꢊợc xác đꢎnh vƠ
phơn nhóm chꢇc năng giꢉ đꢎnh, 24 gen trong số nƠy đƣ có các công bố chꢇng minh chꢇc
năng hóa sinh vƠ sinh hꢍc liên quan đến sự phát triển bộ rꢑ.
xiii
THESIS ABSTRACT
PhD. Candidate: Phung Thi Phuong Nhung
Thesis title: Identification of new genes and alleles associated with root development in
a core collection of rice varieties in Vietnam
Major: Genetic and Plant breeding
Code: 9.62.01.11
Education organization: Vietnam National University of Agriculture (VNUA)
Research Objectives
The development of Genome-wide Association studies (GWAS) in crops has
made it possible to mine interesting alleles hidden in gene bank resources. However,
only a small fraction of the rice genetic diversity of any given country have been
exploited in the studies with worldwide sampling conducted to date. The thesis had
been researched to development of a panel of rice varieties from Vietnam for GWAS
purposes to identify some new QTLs and candidate genes associated with root
development.
Materials and Methods
The panel, initially composed of 270 accessions, was characterized for simple
agronomic traits (maturity class, grain shape and endosperm type) commonly used to
classify rice varieties. We first genotyped the panel using Diversity Array Technology
(DArT) markers (6144 clones). We analyzed the panel structure, identified two
subpanels corresponding to the indica and japonica sub-species and selected around 200
non-redundant accessions for Genotyping By Sequencing (GBS) (with 50000 marker).
A matrix adapted for GWAS was built by eliminating the markers with a minor allele
frequency below 5% and imputing the missing data. The panel of 200 rice varieties was
phenotyped under greenhouse conditions for several root traits in an experimental
design with 3 replicates. The results were submitted to association mapping using a
mixed model involving structure and kinship to enable the identification of significant
associations. The analyses were conducted successively on the whole panel (185
accession) and on its indica (115 accessions) and japonica (64 accessions) subpanel.
Main findings and Conclusions
Scientific and practical significance
The publicly available panel constitutes an imprortant resource giving access to
original allelic diversity. It will be use for GWAS on root, panicle traits, grain and yield
traits, or abiotic stress adaption.
Some of the major QTLs we detected through this Genome-wide Association
Study contain promising candidate genes encoding regulatory elements of known key
xiv
regulators of root formation and development.
In rice breeding, major QTLs and candidate SNPs, candidate genes associated
with such agronomy traits, identified though GWAS in this thesis research (after
confirmed by functional studies and validations), have been deployed to enhance
adaption and productivity of rice in future.
Conclusions
1) The rice varieties studied showed a strong diversity of basic agronomic traits
such as tree height, flowering time, branching and effective branching, growth time,
grain shape, endosperm characteristics. The 270 rice varieties exhibited genetic
diversity with bipolar structure, mainly indica (168 germplasms), and japonica (88
germplasms), the remaining are Aus/Boros and Sadri/Basmati.
2) Results of GBS analysis produced a set of genetic data consisting of a
polymorphic matrix of 25971 marker species with nearly 200 rice varieties in Vietnam,
the PIC of these markers is 32% in average. Results of population structure analysis
with SNP marker showed indica group was divided into 6 sub-populations (from I1 to
I6) and japonica was divided into 4 sub-populations (from J1 to J4). Each group has its
own unique characteristics of basic agronomic traits, ecological regions and source of
collection.
3) The phenotypic assessment results provided a set of phenotypic data of 18
traits directly or indirectly related to rice root development in 194 rice varieties. The
mean comparisons showed that subpopulations I3 and I6 in the indica subpanel and
subpopulations J1 and J3 in the japonica subpanel had the deepest and thickest roots
while subpopulations I1 and I4 as well as J2 and J4 registered the poorest performances
in this respect. The indica types from group I3 constitute interesting donors of deep and
thick root that may be used as parents in crosses in root breeding programes, example:
Ble Blau Cho (G205), Te Nuong (G153), Khau Nam Rinh (G189), Khau Pe Lanh
(G155).
4) Identified 88 QTLs at a high level for 18 traits. Identify two strong QTLs
related to root numbers (NCR) on chromosome 11 and related to root thickness (THK)
on chromosome 2. Based on the location of QTLs, in LD was calculated, 899 candidate
genes were identified in the high confidence region of 88 QTLs, 33 QTLs in genes with
predicted functions, 407 genes were identified function in hypothetical, 24 genes were
identified whose reported biological function in consistent with the associated
phenotype, the rice gene or its predicted Arabidopsis ortholog.
xv
PHꢚN 1. Mꢛ ĐꢚU
1.1. TệNH CꢜP THIꢁT CꢝA Đꢞ TĨI
Lúa (Oryza sativa L.) lƠ cơy lꢊꢏng thực chính nuôi sống hꢏn một nửa dơn
số thế giới. Tổng diꢋn tích gieo trồng cꢈa lúa trên toƠn thế giới trong 10 năm gần
đơy dao động trong khoꢉng 156 đến 161,7 triꢋu hecta (STATISTAT, 2018). Cơy
lúa đꢊợc gieo trồng ꢓ nhiều quốc gia trên thế giới với nhiều hꢋ sinh thái khác
nhau (tꢊới tiêu, nꢊớc trꢒi ꢓ đồng bằng, ngập nꢊớc, nꢊꢏng rẫy vùng cao). So với
các cơy trồng khác, cơy lúa có nhu cầu nꢊớc lớn hꢏn. Sự thích nghi với các chế
độ thꢈy văn khác nhau trꢓ thƠnh một trong những đặc điểm cꢈa giống tích lũy
qua quá trình thuần hóa vƠ chꢍn lꢍc tự nhiên. NgƠy nay, trꢊớc những diꢑn biến
phꢇc tꢐp khó kiểm soát cꢈa Biến đổi khí hậu, các cơy trồng đặc biꢋt lƠ cơy lúa
đang đꢇng trꢊớc nguy cꢏ bꢎ tổn hꢐi nghiêm trꢍng về năng suꢌt vƠ sꢉn lꢊợng do
những ꢉnh hꢊꢓng cꢈa hꢐn, mặn, vƠ ngập lụt kéo dƠi. Bộ rꢑ đóng vai trò quan
trꢍng trong đꢒi sống cơy lúa, giúp cơy bám vƠo đꢌt, hút nꢊớc, dinh dꢊỡng vƠ
nhiều hoꢐt động trao đổi chꢌt khác ꢉnh hꢊꢓng trực tiếp đến khꢉ năng sinh trꢊꢓng,
phát triển, năng suꢌt, đặc biꢋt lƠ khi cơy gặp các điều kiꢋn ngoꢐi cꢉnh bꢌt lợi. Một
bộ rꢑ có khꢉ năng ăn sơu, rꢑ dƠy vƠ khꢉ năng phơn nhánh rộng có thể giúp cơy
ngập nꢊớc sẽ giúp tăng khꢉ năng chống chꢎu vƠ duy trì năng suꢌt lúa trong điều
kiểu hình bộ rꢑ phù hợp với mỗi điều kiꢋn gieo trồng lƠ mục tiêu cꢈa các nhƠ
chꢍn tꢐo giống lúa trong bối cꢉnh diꢑn biến phꢇc tꢐp cꢈa Biến đổi khí hậu toƠn
cầu nhꢊng rꢌt khó thực hiꢋn vì những hꢐn chế trong quan sát trực tiếp bộ rꢑ. Hiểu
biết về các yếu tố di truyền có liên quan đến các đặc điểm phát triển vƠ thích nghi
cꢈa bộ rꢑ lƠ cꢏ sꢓ để phát triển vƠ ꢇng dụng phꢊꢏng pháp chꢍn lꢍc phơn tử trong
các nghiên cꢇu chꢍn tꢐo, cꢉi tiến bộ rꢑ lúa.
Trong những năm gần đơy nghiên cꢇu về rꢑ cơy trồng nói chung vƠ lúa nói
riêng ngƠy cƠng đꢊợc quan tơm. Nhiều phꢊꢏng pháp khác nhau đƣ đꢊợc sử dụng
để khám phá các yếu tố di truyền liên quan đến bộ rꢑ lúa, nhꢊ phꢊꢏng pháp gơy
1
đến đặc điểm hình thái vƠ chꢇc năng sinh lý cꢈa rꢑ đƣ đꢊợc xác đꢎnh, mꢓ ra cꢏ
quần thể lập bꢉn đồ lƠ độ dƠi cꢈa đoꢐn NST mang QTLs/gen ꢇng viên có kích
mỗi nghiên cꢇu xác đꢎnh QTLs sử dụng quần thể lập bꢉn đồ rꢌt hꢐn chế, thꢒi
Phꢊꢏng pháp GWAS (Genome-wide Association Studies) xuꢌt hiꢋn lần đầu
tiên trong một nghiên cꢇu di truyền ꢓ ngꢊꢒi (Hirschhorn and Daly, 2005) sau sự
kiꢋn giꢉi trình tự hꢋ gen ngꢊꢒi thƠnh công. GWAS nhanh chóng đꢊợc đꢊa vƠo
các nghiên cꢇu ꢓ thực vật, đặc biꢋt lƠ ꢓ các cơy mô hình nhꢊ Arabidopsis (Atwell
et al., 2010). Bꢉn chꢌt cꢈa GWAS lƠ thiết lập mối quan hꢋ thống kê liên kết giữa
sự dao động cꢈa các tính trꢐng đꢎnh lꢊợng phꢇc tꢐp với các kiểu gen trong quần
cao, bao phꢈ toƠn hꢋ gen vƠ các quần thể tự nhiên có sự suy giꢉm liên kết mꢌt
cơn bằng một cách nhanh chóng, GWAS đƣ mꢐnh mẽ cꢉi tiến độ phơn giꢉi tꢐi
mỗi vꢎ trí QTLs xuống còn từ 1 đến vƠi chục kilo-base thay vì đꢊợc tính bằng
xác đꢎnh bằng phꢊꢏng pháp GWAS đƣ đꢊợc công bố trên các tꢐp chí uy tín
phꢊꢏng pháp nƠy trong nghiên cꢇu di truyền các tính trꢐng liên quan đến sự phát
triển bộ rꢑ ꢓ lúa.
Sự tiến bộ vƠ ngƠy cƠng hoƠn thiꢋn cꢈa công nghꢋ phơn tích genome thông
lꢊợng cao, sự phát triển các hꢋ thống phꢊꢏng pháp luận vƠ phần mềm phơn tích,
lƠ điều kiꢋn thúc đẩy ngƠy cƠng nhiều các nhƠ khoa hꢍc lựa chꢍn sử dụng GWAS
có kích thꢊớc khá lớn (từ 200 đến 400 mẫu giống), nhꢊng vẫn chꢔ khai thác đꢊợc
2
một phần nhỏ sự đa dꢐng cꢈa lúa trên thế giới.
Nền văn minh Viꢋt Nam gắn liền với cơy lúa nꢊớc. Các giống lúa đꢎa
phꢊꢏng Viꢋt Nam khá đa dꢐng (ĐoƠn Thanh Quỳnh vƠ cs., 2016). Tuy chꢊa phꢉn
ánh hết sự đa dꢐng cꢈa lúa trên thế giới nhꢊng những nguồn gen đꢎa phꢊꢏng,
đáng chú ý lƠ từ những vùng có điều kiꢋn đꢎa lý, sinh thái khác nhau có thể mang
các tính trꢐng, các QTLs, các gen có ý nghĩa quyết đꢎnh trong các tính trꢐng nông
soát sự phát triển bộ rꢑ vƠ khꢉ năng chống chꢎu với các stress phi sinh hꢍc ꢓ cơy
lúa. Xác đꢎnh các QTLs/gen ꢇng viên liên quan đến sự phát triển rꢑ ꢓ các giống
lúa Viꢋt Nam sẽ cung cꢌp nền tꢉng quan trꢍng để lƠm sáng tỏ cꢏ chế phơn tử về
sự phát triển bộ rꢑ vƠ tꢐo điều kiꢋn để cꢉi tiến khꢉ năng chống chꢎu với các điều
kiꢋn ngoꢐi cꢉnh bꢌt lợi ꢓ lúa.
1.2. MꢊC TIểU NGHIểN CꢟU CꢝA Đꢞ TĨI
- Lựa chꢍn các mẫu giống phù hợp để phát triển bộ dữ liꢋu kiểu gen vƠ dữ
liꢋu kiểu hình phục vụ cho các nghiên cꢇu GWAS thông qua hhꢉo sát sự đa dꢐng
về đặc điểm nông sinh hꢍc cꢏ bꢉn vƠ di truyền cꢈa một tập đoƠn các mẫu giống
lúa Viꢋt Nam.
- Xơy dựng bộ dữ liꢋu kiểu gen (haplotype) cꢈa tập đoƠn mẫu giống đꢊợc
chꢍn, lƠm cꢏ sꢓ dữ liꢋu để phát triển các nghiên cꢇu GWAS với các tính trꢐng
quan tơm.
- Xơy dựng bộ dữ liꢋu kiểu hình cꢈa một số tính trꢐng chính liên quan đến
sự phát triển bộ rꢑ cꢈa các mẫu giống lúa đꢊợc chꢍn, lƠm cꢏ sꢓ cho nghiên cꢇu
GWAS để xác đꢎnh các QTLs/gen ꢇng viên liên quan đến sự phát triển bộ rꢑ cꢈa
lúa Viꢋt Nam.
- Sử dụng phꢊꢏng pháp GWAS để lập bꢉn đồ liên kết toƠn hꢋ gen, từ đó
xác đꢎnh các QTLs vƠ gen ꢇng viên liên quan đến sự phát triển bộ rꢑ cꢈa các
giống lúa Viꢋt Nam.
1.3. PHꢠM VI NGHIểN CꢟU
- Nghiên cꢇu đꢊợc thực hiꢋn trên cꢏ sꢓ một tập đoƠn gồm 214 mẫu giống
lúa đꢊợc thu thập từ nhiều vùng cꢈa Viꢋt Nam, 33 mẫu giống lúa đối chꢇng đꢐi
diꢋn cho đa dꢐng cꢈa Oryza sativa trên thế giới do CIRAD cung cꢌp vƠ 23 mẫu
giống khác đꢊợc cung cꢌp bꢓi Viꢋn Di truyền Nông nghiꢋp. Các mẫu giống đƣ
3
Tải về để xem bản đầy đủ
205 trang
23780
Free
Bạn đang xem 20 trang mẫu của tài liệu "Luận án Xác định các gen - alen đặc thù liên quan đến sự phát triển bộ rễ của các giống lúa Việt Nam", để tải tài liệu gốc về máy hãy click vào nút Download ở trên
File đính kèm:
- luan_an_xac_dinh_cac_gen_alen_dac_thu_lien_quan_den_su_phat.pdf
- DT&CGCT - TTLA - Phung Thi Phuong Nhung.pdf
- TTT - Phung Thi Phuong Nhung.pdf
